Roku 1101 byl na místě pozdějšího města Třebíč založen benediktinský klášter. Klášter založil Oldřich Brněnský a Litold Znojemský.

Roku 1277 je již Třebíč zmiňována jako město. V té době již také stojí bazilika svatého Prokopa. Již od 14. nebo začátku 15. století jsou v Třebíči evidováni obyvatelé židovského vyznání, posléze vzniká židovské ghetto, které je v současnosti největším turistickým lákadlem města. V 16. století byli sice židé opakovaně z Třebíče vypovězeni, již v roce 1561 však získali dědičně získali své pozemky. Zejména v 18. století patřila třebíčská židovská obec mezi ty důležité a početné na Moravě. Město přestalo existovat (na několik let) po roce 1468, kdy se stalo obětí bojů mezi Jiřím z Poděbrad a Matyášem Korvínem. Klášter byl zrušen roku 1525. Na konci 15., v 16 a opět v 19. století město trpělo ničivými požáry, ve druhé polovině 18. století zas hladomorem. Markrabě Karel spolu se svým otcem povolil městu vystavět hradby (1335). Práva města byla povýšena na úroveň Znojma (královského města). Třebíč se nestala městem královským, nespadala však již následně tolik pod místní klášter. První židé se v Třebíči (či v nejbližším okolí) nacházeli již roku 1338, kdy jsou zmíněni v tzv. Norimberském martyrologiu. Markrabě Jošt Lucemburský městu roku 1404 privilegia potvrdil.