Kostel svatého Štěpána stojí na křižovatce ulic Štěpánské a Na Rybníčku v těsné blízkosti rotundy svatého Longina z počátku 12. století. Rotunda byla původně zasvěcena svatému Štěpánovi, ale po stavbě kostela byla přesvěcena.

Kostel byl založen po roce 1348 jako jeden ze dvou farních kostelů nově budovaného Nového Města pražského, jak dokládá listina papeže Klimenta VI. z roku 1552, potvrzující povýšení kostelů svatého Štěpána a Jindřicha. S kostelem svatého Jindřicha má kostel svatého Štěpána stejnou šířku hlavní lodi, avšak je o něco kratší. Byl spravovaný staroměstskými křížovníky. Jeho stavba začala v roce 1551, avšak dokončen byl až po Karlově smrti, v roce 1401. Práce na kostele probíhaly pomalu a jsou poměrně dobře evidovány. Například v roce 1376 zápisy zmiňují dokončení oltáře Božího těla, rok po císařově smrti oltář svatého Václava, v roce 1390 oltáře svatého Bartoloměje v čele jižní lodi. Také víme, že za Karlovy doby bylo dokončeno presbyterium. Kostel je typickou trojlodní bazilikální stavbou, na východě je hlavní loď polygonálně zakončena presbytářem. Kněžiště i loď jsou kryty jednotnou sedlovou střechou, která je na východě zvalbena. Vnějšek presbyteria je členěn dvakrát odstupněnými opěráky, zakončenými trojúhelnými štítky, které jsou zalomeny do pultíkových stříšek. Kněžiště se skládá ze dvou obdélných polí a pětibokého závěru, sklenutého šestipaprsčitou klenbou. Vnitřní prostor pesbyteria je bohatě prosvětlen pěti vysokými dvoudělnými okny umístěnými ve všech bocích závěru a ještě širokými trojdělnými okny ve východnějším poli. Trojlodí je sklenuto na tři páry masivních hranolovitých pilířů. V ose hlavní lodi se na západě zvedá věž. Původně se počítalo s jejím posazením nad jihozápadním polem trojlodí, o čemžm svědčí točité schodiště pojícící se k této lodi. V roce 1686 byla k jižní straně přistavěna Kornelská kaple, v roce 1739 byla připojena naopak k severní straně otevřená Branbergská kaple. Podobně jako u řady novoměstských památek z doby Karla IV. prošel kostel svatého Štěpána regotizací. V duchu Mockerova purismu získal kostel v letech 1874 – 1879 současnou podobu.