Karel IV. věnoval klášteru Černou Madonu, tzv. Starobrněnskou Madonu, nacházející se dnes v kostele Nanebevzetí Panny Marie.

Augustiniánský řád se v Brně usídlil roku 1346. Konvent se nacházel v dnešním Místodržitelském paláci na Moravském náměstí. Nedlouho po barokní úpravě (pod vedením Mořice Grimma) ve 30. letech 18. století Josef II. nařídil přesun augustiniánů do budovy zrušeného kláštera cisterciaček při kostele Nanebevzetí Panny Marie na Starém Brně. Klášterní kostel Zvěstování Panny Marie a svatého Tomáše je pohřebištěm moravských markrabat. Brněnští augustiniáni se starali o činnost Augustiniánské thurnovské nadace k podpoře rozvoje hudby (vznikla roku 1653), jedním z fundatistů se roku 1865 stal mladý Leoš Janáček, který roku 1872 dokonce převzal vedení starobrněnského kůru. V letech 1864-1884 byl opatem (již přesunutého) kláštera zakladatel genetiky, Gregor Johan Mendel. Zakládací listinu augustiniánského kláštera vystavil Jan Jindřich Lucemburský, papež ji potvrdil roku 1356. V klášterním kostele je pochován Jošt Lucemburský.