První věrohodná listina vztahující se k obci se datuje k roku 1293, již roku 1263 je však zmiňována ves Hirschperch, jak se Doksy německy označovaly.

O založení rozhodl král Přemysl Otakar II. Doksy stály v husitských válkách na straně protihusitské, v důsledku čehož byly husitským vojskem roku 1426 vypleněny. Velké ztráty město zažilo za třicetileté války, do-osidlování Němci po válce znamenalo demografickou změnu – před válkou bylo ve většině obyvatelstvo české. Od roku 1680 do roku 1945 Doksy vlastnil rod Valdštejnů. Před rokem 1800 však Doksy po ničivém požáru ztratilo status města.

Karel IV. věnoval obci městská privilegia, včetně práva mílového, pořádání týdenních trhů apod. Roku 1366/1367 nechal Karel také založit Velký rybník (pozdější Máchovo jezero) v blízkosti Doks. Pískovec těžený v lomech nacházejících se v katastru obce Doksy byl ve 14. století dovážen do Prahy a využíván při stavbě mnoha pražských budov, včetně katedrály svatého Víta.