V 10. století postavili na místě již dřívějšího osídlení své hradiště Slavníkovci. Na konci 10. století (po masakru Slavníkovců) byl Hradec sídlem Přemyslovského knížete dohlížejícího na severovýchodní Čechy.

Roku 1225 povýšil Přemysl Otakar I. Hradec na královské město. Nechal také postavit nový hrad, který z rozhodnutí Václava II. náležel českým královnám, na počátku 14. století v Hradci přebývala Eliška Rejčka (1308-1318). Chrám sv. Ducha (později – od roku 1664 – chrám katedrální, neboť došlo ke zřízení královéhradeckého biskupství) vznikl zřejmě ve druhé polovině 13. století, ačkoli jeho vznik byl často spojován s Eliškou Rejčkou. V době husitských válek se Hradec přidal na stranu husitskou – v chrámu sv. Ducha byl pochován sám Jan Žižka. Další významný nekatolík, Jiří z Poděbrad, se zasadil o opravu chrámu. Hradec se podílel na povstání proti Ferdinandovi I., za což byl početný městský majetek zkonfiskován a město bylo i jinými způsoby penalizováno (dohlížel na ně od té doby např. královský rychtář). Za Martina Cejpa z Peclinovce došlo k renesanční přestavbě města. Významně a negativně poznamenala Hradec třicetiletá válka, během které se ve městě vystřídala vojska císařská i švédská. Ještě horší dopady měly války ve století osmnáctém, roku 1762 totiž zachvátil Hradec ničívý požár. Z Hradce následně Josef II. vytvořil pevnostní město. Hradec Králové byl významným buditelským centrem v době národního obrození, o čemž svědčí rozsáhlý seznam buditelů spojených (ať už narozením, studiem či působením) s Hradcem. Zahrnuje např. Karla Jaromíra Erbena, Josefa Kajetána Tyla či Václava Klimenta Klicperu. Na současné podobě města se významně podílel zejména architekt Josef Gočár, autor regulačního plánu města i mnoha královéhradeckých budov. Karel již jako markrabě usiloval o přímý vliv na královské město Hradec Králové, jedno z nejvýznamnějších měst království v té době. Roku 1339, v době kdy vládl Jan Lucemburský a Karel byl zatím jen moravským markrabětem, vyhořel královéhradecký farní kostel. V následujících letech došlo na jeho místě k výstavbě presbytáře chrámu sv. Ducha, jenž již začal být využíván. Dokončení chrámového trojlodí je spojeno s Karlovou manželkou Eliškou Pomořanskou (v 60. letech). Karel IV., obdobně jako jeho otec Jan Lucemburský i syn Václav IV. Hradci potvrdili dosavadní privilegia. Hradec měl mimo jiné právo mílové a právo várečné. Eliška Pomořanská, manželka Karla IV., zemřela roku 1393 právě v Hradci Králové, svém věnném městě.